Území, na kterém zámek stojí, bylo osídleno již v pravěku. Předpokládá se, že nejstarší opevnění bylo postaveno na přelomu starší a střední doby bronzové. V některých obdobích se zde nacházelo opevněné hradiště, jehož existence je možná také v době halštatské a laténské. V pozdní době laténské (150–50 př. n. l.) mělo bechyňské hradiště zřejmě charakter oppida. V raném středověku bylo na tomto místě postaveno nejmladší hradiště, o čemž svědčí početné nálezy keramiky z devátého až první poloviny 10. století.

V jedenáctém a dvanáctém století se Bechyně stala významným přemyslovským správním centrem. Kosmova kronika jej zmiňuje jako provincii Bechin. Existenci kostela na hradišti dosvědčují písemné prameny s jmény bechyňských arcijáhenů: Dětleba, Heřmana a Engelberta.

Vrcholně středověký hrad byl založen za vlády Přemysla Otakara II., který jej nechal v roce 1268 vystavět na základě snahy českých králů o upevnění svého vlivu v jižních Čechách. Měl sloužit jako opěrný bod v bojích proti Vítkovcům. Po Přemyslově smrti v roce 1278 a během slabé vlády Jana Lucemburského se královský vliv v oblasti oslabil, zatímco moc Vítkovců a později Rožmberků stoupala. Panství se dostalo do majetku různých šlechty – nejprve Štěpána z Kunštátu, poté Jindřích Lefl z Lažan, jehož potomci se psali Bechyňové z Lažan. Během husitských válek byla Bechyně roku 1422 dobyta a vypálena vojsky Jana Hvězdy z Vícemilic, hrad se však podařilo uhájit hejtmanovi Zdislavu z Hartvíkova. Při dalším obležení v roce 1428 se posádka vzdala a hrad obsadil Jan Bleha z Těšnice.

V novověku zakoupili panství v roce 1477 bratři Jaroslav a Zdeslav ze Šternberka. Padesát let později jej odkoupil Kryštof ze Švamberka, a v roce 1569 Petr Vok z Rožmberka (1539–1611). Ten nechal hrad v letech 1581–1584 nákladně přestavět; autorem přestavby byl Baldassare Maggi z Arogna. Petr Vok vedl bohatý společenský život, kterýžto si zadluženost nevyžádal. Panství se po něm dostalo do rukou dalších majitelů – v roce 1596 jej odkoupil Adam ze Šternberka a na Sedlci. V držení šternberské rodiny zůstalo až do roku 1761, kdy přešlo do rukou Paarů sňatkem dědičky Marie Terezie Violanty ze Šternberka. Rodina Paarů zde v průběhu času provedla řadu drobných úprav.

Zámek zůstal v majetku Paarů až do roku 1948, kdy byl znárodněn. Posledním majitelem byl kníže Alfons (1903–1979), který patřil k signatářům memoranda české a moravské šlechty prezidentu Háchovi v roce 1939. Od roku 1963 je Bechyně chráněna jako kulturní památka a představuje význačný svědek českých dějin od středověku do novověku.