Kostel svatého Jana Křtitele se nachází v Zátoni, místní části obce Větřní, na dominantním návrší asi devět kilometrů jižně od Českého Krumlova. Jedná se o pozdně gotickou stavbu, kterou chrání právní status kulturní památky České republiky a která slouží jako farní kostel místní katolické farnosti.

Dějiny kostela sahají hluboko do minulosti. Nejstarší písemné zmínky pocházejí z třináctého století, kdy zde existovaly kostel a proboštství pod patronací ostrovského kláštera. Podle archeologických nálezů jsou však nejstarší stavební částí zbytky románské kaple z jedenáctého století, na níž byly později stavby budovány. Na těchto základech vznikla gotická stavba třináctého a čtrnáctého století. Ve čtrnáctém a patnáctém století pokračovaly stavební práce – byla vybudována sakristie. Ke konci patnáctého století přibyla stavba kněžiště a zvýšení sakristie.

Konečná podobu kostela dala přestavba v šestnáctém století, kterou lze datovat mezi roky 1500 a 1517. Tehdejší stavitelé vytvořili svým charakterem vytříbený plán: kostel se stal širokým jednolodním stavbou se západní varhanní kruchtou a otevřenou jižní předsíní. Presbytář byl zaklenut v roce 1510, jeho vysvěcení se datuje na rok 1491. Přesná identita sponzorů tohoto ambitního rozšíření a vyzdobení zůstává nejasná.

Architektonické řešení kostela patří mezi zajímavé příklady gotického stavitelství. Presbytář je klenuty síťovou žebrovou klenbou bez konzol. Aby byla možná tato symetrická konstrukce, bylo třeba na severní straně přidat tesané krakořce – řešení, které vypovídá o snaze stavitelů pracovat s již existující, lehce odchýlenou konstrukcí staršího díla. Loď pokrývá valená cihelná klenbou s přetínajícími se kamennými žebry. Dílo vypovídá o vlivu vrchního rožmberského kameníka Hannse Gezingera, přestože je klenuté řešení zde redukované na proporcích skromnější než v jeho dalších dílech.

Vně košem fasádu zdobí typicky gotické jednoduché hranolové opěrné pilíře. Bílý plášť lodi nese vypracované malby – mezi nimi jsou renovované erby Rožmberků v podobě pětilisté růže. Okna jsou gotická, dvoudílná s původními kružbami; v presbytáři jsou zdobena motivem jeptiček a trojlistů, v lodi jsou subtilnější s trojlistovým motivem. Na západní straně stojí hranolová věž.

Kostel prošel několika restauracemi. V roce 1890 byly opraveny střecha a věž. Dalších zásadních úprav se dočkal v letech 1928 a 2010, kdy byla obnovena i fasáda. Významná architektonická součást – hlavní křídlový oltář z padesátých let patnáctého století zvané Zátoňská archa – byla na počátku dvacátého století převezena do Národní galerie v Praze.

Kostel zůstává živým místem catholické farnosti a zároveň jedním z dokladů proměny stavebního stylu jihočeské oblasti od středověku do novověku.