Kostel svatého Jakuba je novogotický chrám postavený v letech 1859–1860 na mírném návrší nad parkem Mertových sadů, který leží západně od Jindřichova Hradce. Dnes jej spravuje Národní památkový ústav a patří České republice. Tato stavba, ačkoli poměrně mladá, obsahuje v sobě několik historických vrstev. Na místě dnešního kostela původně stávala strážní tvrz, kterou později nahradil skromný kostelík s věžičkou. Ten se připomíná k roku 1518, kdy v jeho sousedství byla zřízena křížová cesta s jedenácti zastaveními, později rozšířená na čtrnáct.

V roce 1605 kostel prošel přestavbou na přání vdovy Marie Maxmiliány z Hohenzollern-Sigmaringenu, která byla manželkou posledního muže z dynastie pánů z Hradce. Stavba však postupně upadala. V roce 1783, v období reforem císaře Josefa II., byl kostel zrušen. Později jej místní vojenská posádka ve čtyřicátých letech devatenáctého století využívala jako sklad střelného prachu. Kvůli špatnému stavu byl nakonec v roce 1856 zbořen.

Novogotický kostel, který dnes vidíme, nechal postavit majitel panství Evžen Karel Czernin v letech 1859–1860 podle plánů architekta Bedřicha Augusta von Stacha. Stavbu realizoval jindřichohradecký stavitel Jan Kocáb. Kostel vysvětil českobudějovický biskup Jan Valerián Jirsík dne 10. června 1860. Okolní park byl upraven lesmistrem Wachtlem v letech 1854–1856. Z města vede ke kostelu vlastní křížová cesta.

Architektura kostela věrně vyjadřuje novogotický styl. Jednolodí je uzavřeno polygonálním presbytářem s paprsčitou klenbou zakončenou kruhovým svorníkem. Charakteristické jsou lomená okna s kružbami a tesané kamenné rozety na věži. Na západní straně se otevírá vchod pod věží s portálem, jehož tympanon nese reliéf Ukřižovaného Krista s Pannou Marií a sv. Janem Evangelistou, dílo sochaře Františka Malinovského. V minulosti kostel zdobil dřevěný mobiliář s gotizujícími prvky; jeho větší část však byla ukradena v roce 1968.

Pod severní stranou kostela se pod schodištěm nachází vchod do černínské hrobky vylámané ve skále. Stavebník Evžen Karel Czernin zde nechal pochovat své rodiče a dvě malé sestry, sám zde byl také pochován a po něm jeho nástupci. Poslední pohřeb se konal v roce 1932. Po vlámání do krypty v roce 1990 byly v roce 1997 ostatky Czerninů vyjmuty z hrobky a pochovány u jižní stěny kostela, kde je připomíná pamětní deska. Celkem zde bylo pochováno šestnáct osob ze čtyř generací jindřichohradecké větve rodu.

Od druhé poloviny dvacátého století kostel upadal z důvodu nedostatku údržby. Teprve v roce 2020 město Jindřichův Hradec oznámilo záměr jej postupně obnovit. Pro návštěvníky není kostel běžně přístupný, nicméně jej lze navštívit v rámci festivalu Noc kostelů, který kostel otevírá veřejnosti.