V srdci historického centra Olomouce stojí komplex někdejšího kláštera klarisek s kostelem sv. Kláry. Areál tvoří kostel a navazující konventní křídla obklopující obdélný klášterní dvůr, přiléhající k bývalým městským hradbám. Dnes slouží jako sídlo Vlastivědného muzea a je památkově chráněn.

Klášter byl podle pověsti založen Kunhutou, manželkou Jaroslava ze Šternberka, ve 40. letech 13. století. Listina vložená při barokní přestavbě hlásí, že konvent byl dostavěn roku 1250. Nejstarší písemná zmínka pochází z roku 1298, kdy jej olomoucký biskup král Václav II. obdařil ostrovem Lazce na řece Moravě. Klášter ležel na Předhradí mezi kartézským klášterem a špitálem sv. Ducha, v těsné blízkosti raně gotického opevnění.

Původně byl vybudován v souladu s ranou gotickou architekturou a postupně upravován až do doby husitských válek. Dominantou se stal klášterní kostel se základnou lodí převyšující polygonální presbytář a vysokými sedlovými střechami. Bok lodi obrácený na náměstí podpíralo šest mohutných opěrných pilířů. Komplexu dominovalo dvěma nádvořím: rajským dvorem vedle kostela a menším nepravidelným dvorem na severní straně.

Počátkem 18. století požadovaly budovy zásadní stavební zásahy. Severní konvent byl značně poškozen při stavbě nového opevnění. V roce 1754 zavedla abatyše Anežka Schreyerová barokní přestavbu, při níž vzniklo severní křídlo s refektářem podél městských hradeb. Tato etapa byla dokončena roku 1759. V následujících letech 1765–1770 zbourali a znovu vystavěli boční budovy podle projektu, jehož autora se nepodařilo doložit. Stavitelem byl mistr olomouckého zednického cechu Matyáš Kniebandl. Nový barokní konvent měl už jen jedno nádvoří a vycházel z rozmístění starších budov.

Od roku 1772 probíhala přestavba samotného kostela pod vedením stavitele Václava Bedy. Radikálně změnil půdorys a minimalizoval architektonické prvky fasád. Do nových zdí byly začleněny zbytky původního chrámu. Od roku 1780 se zde pravidelně sloužilo mši.

Rok 1782 znamenal zlom: výnosem císaře Josefa II. byl klášter zrušen. Budovy přešly pod kněžský seminář, který je po dvou letech opustil. Následně sloužily vojenské správě jako kasárny. Kostel využívalo univerzitní knihovny. V průběhu adaptace 1784–1785 vyzdobiI interiér kostela malby Františka Wagnera a vznikla jeho současná klasicistní fasáda se člením pilastry, čabrakovými hlavicemi a velkými okny s půlkruhovými oblouky.

V roce 1907 bylo do kostela přestěhováno Muzeum arcivévody Ferdinanda s přírodovědnými a egyptskými sbírkami. Od roku 1951 slouží celý komplex po velké modernizaci jako sídlo Vlastivědného muzea. Počátkem 21. století proběhla další obsáhlá oprava, která zrekonstruovala topení, střechu, okna a fasádu.