Záběhlice se poprvé objevují v historických záznamech roku 1088, kdy jsou zmíňovány v zakládací listině vyšehradské kapituly. Pozemky zde postupně vlastnili klášter sv. Jiří na Pražském hradě, čeští králové i pražští měšťané. V 14. století zde stály dokonce dvě tvrze – jednu z nich budoval král Václav IV. na ostrůvku uprostřed dnešního Hamerského rybníka. Druhá tvrz, kterou v roce 1354 držel pražský měšťan Seidl a od roku 1380 litomyšlský biskup, se postupně přeměnila v pozdější zámek. První písemná zmínka o zdejší tvrzi se dochovala ze roku 1389.

Během husitských bouří zabrali Pražané zdejší církevní a královské majetky a přidělili je Novému městu pražskému. V 15. století se Záběhlice staly opakovaně shromaždištěm vojsk před bitvami. Vlastníci se vyměňovali – v letech 1436 až 1459 panoval nad Záběhlicemi Mikuláš Zajíc z Házmburka.

Od roku 1663 vlastnil Záběhlice sasko-lauenburský vévoda Julius Jindřích. Jeden z následujících majitelů nechal původní tvrz přestavět na zámek. V 17. století byly Záběhlice součástí Kouřimského kraje a zámek připadl hraběti Lažanskému. Na majetkovém soupisu z roku 1788 se zde již uvádí zámecký pivovar. V roce 1813 vešel majetek do rukou svobodného pána Jakuba Wimmera, který ke vsi připojil nedalekou osadu Roztyly.

Roku 1885 zámek zachvátil požár. Majitel Ludvík Korb z Weidenheimu jej dal obnovit. Architekti Cornelius Hauschka a Eduard Rechziegel realizovali obnovu podle projektu Ferdinanda Hauptmanna a zámku tak dali jeho dnešní novobarokní podobu. Až do konce 19. století vlastnil panství Karel Korb, rytíř z Weidenheimu, který se od roku 1879 stal rakouským ministrem a moravským zemským místodržitelem.

Na počátku 20. století byly Záběhlice součástí politického okresu vinohradského a zámek opět chátrál. Záchranu přinesl rok 1907, kdy jej zakoupil velkostatkář Václav Černý a objekt opravil. V socialistickém období byla pobořena zeď zámecké zahrady. Po restitucích byl zámek vrácen původním majitelům a dnes slouží jako administrativní objekt pro různé firmy. Sám zámek a přilehlá zahrada zůstávají veřejnosti nepřístupné, přestože je celý objekt chráněn jako kulturní památka.

Podle místní pověsti na zámku straší bílá paní. Legendě podle ji vyhnaly zvony z nedalekého kostela Narození Panny Marie – jejich zvuk prý bílá paní nedokázala snést a navždy zmizela.