Kostel Panny Marie na Předhradí vznikl podle pověsti roku 1241 díky Jaroslavu ze Šternberka jako votivní dar po bitvě nad Tatary, kterou se chtěl vzdát počty. Tuto tradici však nelze zcela ověřit – nejstarší známé písemné zmínky o kostele pocházejí až z padesátých let 13. století, konkrétně z let 1253 a 1258. Jde tedy o stavbu, která byla určitě již v době vzniku této dokumentace několik desetiletí stará, a předpokládá se, že její počátky sahají do počátku druhé poloviny 13. století.

Budova byla typickou gotickou síňovou bazilikou se třemi loděmi a čtyřhrannou věží, která dominovala krajině předhradí – části Olomouce ležící mimo středověké fortifikace. Architektonicky připomínala stavby rozšířené ve střední Evropě toho období. Již v 15. století ji ozdoboval pozdně gotický reliéf Panny Marie Opatrovnice, který zdobil vstup do věže a kterému místní věřící přisuzovali zvláštní ochranu. Před kostelem stál také mariánský sloup, zřízený kolem roku 1698, vysoký zhruba devět metrů se sochou Matky Boží. Tento sloup byl během 18. století přesunut blíže k vchodu kostela a v poslední fázi jeho existence přenesen do nedalekého Huzové.

Kostel měl ve své historii několik osudu měnících okamžiků. V roce 1620 se v něm v kapli svatého Jeronýma pochoval kazatel Jan Sarkander, kterého inkvizice později pronásledovala. Jeho ostatky však zůstaly v kostele jen do roku 1784, kdy byly přeneseny do kostela svatého Michala. V polovině 18. století, konkrétně roku 1750, podstoupila stavba přestavbu v baroku. Freskami ji vyzdobil malíř Jan Kryštof Handke, který se svou uměleckou činností podílel na obnově také dalších olomouckých pamětihodností. Handke se zde také nechal pohřbít po své smrti roku 1774.

Konec byl však neúprosný. Roku 1785 byl kostel zrušen a následujících padesát let sloužil jen jako skladiště. Roku 1802 snesli věž a po dalších sedmdesáti letech, roku 1839, byl zbořen i zbytek stavby. Jednotlivé jeho části se však rozptýlily: hlavní oltář z kostela se Panny Marie nyní nachází v kostele svatého Filipa a Jakuba v Nových sadech, reliéf byl v 70. letech 20. století přenesen do Fürstenbergovy kaple při katedrále svatého Václava. Dvě sochy z ohradní zdi hřbitova – Spasitele a Panny Marie od sochařů Andreáse Zahnera – stojí podnes vedle vchodu do kostela svatého Michala.

Na místě zbořeného kostela postavil v letech 1853 až 1855 projektant Josef Seifert nový palác okresního hejtmanství v duchu historizujícího neoklasicismu. Od roku 1948 v budově sídlí Knihovna města Olomouce, která tak nahradila sakrální funkci kulturní. Dnešní návštěvník náměstí Republiky si tak může jen obtížně představit, jak čtyři sta let dominoval krajině gotický chrám a jak živly jeho stavby rozptýleny po okolích olomouckých pamětihodností připomínají minulost, která se jej snažila překonat.