Johanitská komenda v Českém Dubu vznikla ze strategie řádu sv. Jana Křtitele rozšiřovat svá panství. Krátce po roce 1237 obdrželi johanité od Havla z Lemberka – který byl manželem svaté Zdislavy – rozsáhlé území na jih od Ještědu. Původně zde existovala trhová ves Světlá pod Ještědem, ale ta ležela příliš periferně. Fundátor proto přemístil johanitské centrum na území vesnice Dub, kam následně přešlo i trhové právo. Takto vzniklo nové město se svým farním chrámem sv. Ducha, zpočátku zvaným Nová Světlá.

Středověká komenda se rozvíjela postupně. První přímé zprávy o ní pocházejí z roku 1291, kdy ji zmiňuje listina i při příležitosti udělení odpustků pro poutníky navštěvující místní kostely. Během čtrnáctého století se rozměry johanitského panství značně zvětšily. Údaje z roku 1373 naznačují, že komenda kontrolovala zhruba 10 450 hektarů půdy, kdy ji vede světský komtur, asistován pěti duchovními a pěti řádovými rytíři. Cada komenda odváděla pětinu svých příjmů do ústředního řádového pokladny na Rhodu. Ani přelomu patnáctého století komenda nadále přijímala závěti a dary od okolních feudálů.

Osud komendy se zlomil s příchodem husitské revoluce. Roku 1425 se přes Českodubsko přeženalo husitské vojsko vedené Janem Čapkem ze Sán. Ten po dobytí blízkého hradu Michalovic v polovině června 1425 obsadil také Český Dub a jeho komendou. Johanitský řád, který zde vládl podobě dvěstě let, padl pod úderem husitských zbrojnošů. Zbytky komendy byly později přestavěny na renesanční zámek.

Osud johanitských držav se pak ještě dvakrát změnil. V roce 1653 získaly Český Dub s panstvím opět řeholní komunita – konkrétně kanovnice sv. Augustina z vídeňského kláštera sv. Jakuba. Jejich vlastnictví trvalo až do roku 1782, kdy v souladu s reformami Josefa II. byl klášter zrušen.

Nejlépe zachovaleným svědectvím o komendě byl po staletí pouze kostel sv. Ducha. Dlouho se předpokládalo, že se z řádového sídla nezachovalo nic. To se změnilo v roce 1991, kdy došlo k překvapivému objevu. Археологické práce s přispěním Tomáše Edela odkryly dodnes dochované zbytky malého i velkého sálu a kapli Jana Křtitele. Tyto stavby představují výjimečnou ukázku pozdně románského a gotického stavitelství na českém území.

Dnes je komenda součástí památkově chráněného areálu zámku. Její prostor již jsou pod oficiální ochranou od 8. prosince 1995. Spravuje ji českodubské Podještědské muzeum. Kaple Jana Křtitele se dočkala znovuvysvěcení a slouží tak nejen historické vzpomínce, ale i tradičním liturgickým účelům. Návštěva této tiché lokality umožňuje si přiblížit, jak vypadalo johanitské sídlo středověku a jak hluboko může být historie ukryta pod zemí i pod pozapomenutostí generací.