Kostel svatého Tomáše na Malé Straně stojí na místě staršího benediktinského kostela zasvěceného stejně sv. Tomášovi, připomínaného již k roku 1228. Výstavba nového chrámu probíhala v letech 1285 až 1379 v rámci budování kláštera řádu augustiniánů poustevníků, který do Prahy v roce 1285 pozval český král Václav II. Presbytář s hlavním oltářem vysvětili čtyři biskupové v roce 1315. Ze středověké stavby se dochovaly úseky zdiva podél severní strany, sakristie s fragmenty gotických fresek a kaple sv. Doroty. Kompletní baziliku vysvětil papežský legát Pileus de Prata 17. dubna 1379, stavební práce pokračovaly pak až do roku 1405.

Kostel postupně postihly velké neštěstí. V červnu 1420 jej vypálily husitské oddíly, v roce 1503 jej zasáhL požár z Malostranského rynku a nejdokladnější škodu přinesl rok 1541, kdy vyhořel při velkém požáru Malé Strany a Hradčan. Zhruba od poloviny 16. století začaly opravy v renesančním slohu za účasti italských stavitelů Bernarda di Alberta a Dominika de Barifis. Nové vysvěcení se uskutečnilo 29. prosince 1593, finální práce byly ukončeny roku 1613.

Přestavba v letech 1727 až 1731 dala kostelu jeho dnešní barokní vzhled. Původní gotické klenby byly nahrazeny tzv. českými plackami, okna pětibokého chóru zazděna a velká okna lodi zatlumena menšími kasulového tvaru, čímž interiér získal intimnější charakter. Poslední generálních oprav proběhlo v 60. až 70. letech 20. století, další údržba následovaly po roce 1990. Od roku 2004 je jediným farním kostelem na Malé Straně.

Architektonicky jde o trojlodní chrám s gotickým jádrem, překrytým barokní štukovou kulisou od Kiliána Ignáce Dientzenhofera. Nad chórem se vypíná kupole. Při severní lodí stojí štíhlá hranolová věž s jehlancovou střechou. Osová věž nad jižní lodí nikdy nebyla postavena. Dvě oratoře v chóru jsou zasklené. Hlavní průčelí navrhl roku 1854 Jan Ripota.

Uměleckou krásu tvoří zejména: nástropní malby Václava Vavřince Reinera pokrývající šest travých kleneb a kupoli – v kněžišti se týkají života sv. Tomáše, v lodi sv. Augustina. Srdcem jsou obrazy hlavního oltáře od Petra Paula Rubense z roku 1637 – Umučení sv. Tomáše a Sv. Augustin. Ty se vrátily augustiniánům v restituci, zůstaly ale zapůjčeny v Národní galerii. Dalších děl přispěli Bartoloměj Sprangar (renesanční sv. Šebastián) a František Xaver Palka (barokní sv. Roch). Nejvýznamnější jsou však díla Karla Škréty, raného baroka největšího českého malíře – Nanebevzetí Panny Marie a Nejsvětější Trojice (obě kolem 1644) umístěné na oltářích pod kupolí, Očišťování Panny Marie v sakristii a jeho vrcholné dílo sv. Tomáš z Villanovy z roku 1671 na prvním oltáři vpravo po vstupu.

Kostel si zaslouží návštěvu pro harmonii gotického základu s barokní okrasou a sbírku děl od velkých evropských mistrů.