Kostel svatého Václava je spojen se založením dominikánského kláštera v Opavě. Dne 1. září 1291 opavský kníže Mikuláš I. Opavský založil klášter v severní části Opavy, nedaleko městských hradeb. Podle archeologického průzkumu kostel, který se měl stát jeho duchovním centrem, vznikl na místě starší sakrální stavby postižené požárem kolem poloviny 13. století. Zasvěcení kostela svatému Václavu bylo zvoleno na přání zakladatele – mělo zdůraznit příslušnost opavských knížat k rodu Přemyslovců.

Stavba trvala více než čtyřicet let ve dvou etapách. První etapa (zhruba 1291–1305) zahrnula chór, sakristii a kapli svatého Dominika. Druhá etapa se rozběhla po roce 1318, kdy opavský kníže Mikuláš II. navázal na činnost svého otce. Stavbu završil vysvěcením 1. listopadu 1336 olomoucký biskup Jan VII. Volek. Chrám vyrostl jako orientovaná trojlodní bazilika z lomového kamene bez věže – to byl zvyk u staveb žebravých řádů. Po dokončení se stal druhým největším chrámem středověké Opavy, těsně za farním kostelem Panny Marie.

Těsně před vysvěcením byla kaple svatého Dominika vyzdobena freskami od neznámého malíře jménem Mikuláš. Kostel později utrpěl od ohně. Velký požár Opavy v roce 1461 vážně poškodil krovové konstrukce a střechy, avšak zdi a klenby vydržely bez vážnějšího poškození. Kostel pak získal nový pozdněgotický krov krytý břidlicí. V roce 1490 vypukl další požár. Při opravách v letech 1491–1503 byla zhotovena nová klenba a vznikly hrobky významných osob a šlechtických rodů, například rodu Šípů z Bránice nebo Jana Trnky z Ratibořan s manželkou. V tomto období byla také vybudována kaple svatého Kříže, později nazývaná Moravská kaple, která se nacházela mezi severovýchodním rohem kostela a klášterem.

Reformace přinesla turbulence. V letech 1585 a 1594 byl klášter s kostelem vydrancován rozvášněným davem opavských protestantů. Obnova přišla s převorem Felixem z Vilny na konci 16. století, který nechal kostel vymalovat, opravit střechy a krovy a zhotovit nový dřevěný hlavní oltář. Před rokem 1599 vznikla rodová hrobka Mošovských z Moravičína, vzniklá vydělením z původní gotické kaple svatého Dominika a překlenutá renesanční valenou klenbou.

Na počátku 17. století věnoval opavský měšťan Matěj Žurek finanční obnos a stavební materiál ke stavbě věže. Stavba věže byla pravděpodobně realizována téhož roku, kdy kostel dar přijal. Podle veduty Opavy z doby kolem roku 1700 byla věž hranolová, dvoupatrová s renesančním cimbuřím a stála asi deset metrů od severozápadního nárožu kostela. O její existenci svědčí zpráva z roku 1609, kdy luteráni při přepadení kostela „odřezali provazy od zvonů kostela svatého Václava" – zvony tedy visely na nové věži. V roce 1621, kdy obsadila Opavu vojska Jana Jiřího Krnovského, byl chrám přeměněn na konírnu.

V současnosti je kostel v majetku města Opavy a slouží k pořádání společenských, kulturních a osvětových akcí – koncertů, výstav, uměleckých performancí, společenských setkání, shromáždění a svatebních obřadů. Společně s dominikánským klášterem je chráněn jako kulturní památka České republiky pod rejstříkovým číslem 34629/8-1307.