Zajímavé místo s dlouhou historií. V roce 1254 zde vznikl židovský hřbitov, roku 1478 zrušen. Postupem času se vystavělo několik obytných domů. V roce 1708 si trinitáři – řád orientovaný na vykupování zajatců z tureckého zajetí – koupili dva domy se šosovními právy. Povolení k založení konventu jim udělil již císař Leopold I., patrně tři roky dříve.

Stavba začala roku 1708 a trvala do roku 1713. Vedli ji stavitelé Kryštof Dientzenhofer a Jan Jiřího Aichbauer mladší podle projektu Octavia Broggia. Mecenáš baron Jan Ignác Putz z Adlersthurnu, nejvyšší mincmistr Království českého, financoval stavbu spolu se svou manželkou Terezií Klárou Freislebenovou. Během stavby došlo k úpravám projektu: byla vypuštěna oratoří v lodi a přidáno vysunuté kněžiště pod věží. Tyto změny byly rozhodnuty roku 1710. Podobně řešená kupole se objevuje i u poutního kostela sv. Máří ve Chlumu, kde také Dientzenhofer pracoval, což naznačuje, že změny mohly vycházet z jedné hlavy. Konvent byl patrně vybudován nejpozději roku 1716.

Kostel je barokní trojlodí s věží. Josef Navrátil maloval farní interiéry kolem roku 1850, jeho obrazy byly však později zabíleny. Fasáda byla obnovena roku 1896 a znovu roku 1991. Farní budova byla postavena roku 1784 podle plánu Pavla Wiedhoffa v raně klasicistním stylu. V roce 1881 byl postaven domek s bytem pro zvoníka. Bývalý klášter byl zbořen roku 1889.

Roku 1783 byla během reforem Josefa II. klášter trinitářů zrušen a kostel uzavřen; prostor konventu se změnil v kasárny. Věřící si však vymohli jeho znovuotevření. Roku 1784 sem byla přenesena farnost od zrušeného kostela sv. Martina ve zdi – spolu s ní renesanční cínová křtitelnice z roku 1552 a gotické dveře do sakristie. První bohoslužby se konaly první adventní neděli roku 1784, v nichž dominovala němčina včetně kázání; od roku 1785 se kázalo pouze česky.

Dnes je kostel chráněn jako kulturní památka a nachází se v blízkosti Pedagogické fakulty Univerzity Karlovy. Od konce roku 2005 jej užívá slovenská řeckokatolická komunita. Stavba zůstává zajímavou svědkyní barokní doby a měnícího se charakteru pražského Nového Města.