Kostel stojí jako součást areálu františkánského kláštera v jihočeském městě Bechyni a tvoří s ním jeden chráněný celek. Jde o stavbu pozdně gotického charakteru, která v sobě mísí různé architektonické vlivy — od tradiční předhusitské halové dispozice až po podněty přijaté ze Saska.

Půdorys kostela tvoří hlavní dvojlodí a jednolodní presbytář, který na dvojlodí navazuje asymetricky — přímo na jeho levou loď. Kostel je orientovaný: hlavní vstup se nachází od západu, ze strany starého města, zatímco presbytář míří k východu s odchylkou k jihovýchodu. Do kostela lze vstoupit třemi různými vstupy — hlavním od západu, z ambitu vstupem po levé straně presbytáře nebo průchodem přes přístavbu barokní kaple.

Ihned po vstupu hlavním vchodem se návštěvník ocitá pod barokním kůrem, který byl do gotického prostoru vestavěn teprve v roce 1634. Kůr je vynášen dvěma oblouky a podklenut křížovou klenbou bez žeber — záměrnou imitací gotiky, aby stavba neztratila slohovou jednotu. Tato vestavba bohužel zničila jednu z nejcennějších pozdně gotických fresek celého klášterního komplexu: zobrazovala Poslední soud a dnes jsou viditelné pouze dvě nevelké části — jedna pod kůrem, druhá nad ním. Na kůru jsou dnes umístěny varhany. V prostoru pod ním stojí pozdně gotická kropenka pocházející ze 16. století, zdobená vegetabilním dekorem propletených suchých větví. Za jejího pravděpodobného autora je považován Wendel Roskopf, stavitel a sochař, který v době jejího vzniku působil na nedalekém bechyňském zámku.

Prostor hlavního dvojlodí byl dokončen kolem roku 1500. Klenutí je rozděleno do osmi identických polí sklípkové — jinak také diamantové — klenby. Ta vzniká průniky mnoha částí valených kleneb; přechody mezi nimi vytvářejí obrazce připomínající diamanty, tedy kosočtverce. Jde o typický prvek pozdně gotické architektury a zároveň jediný druh gotické klenby, který postrádá žebra. Jednotlivá pole vždy vybíhají přímo ze stěny, bez přípor ani konzol; uprostřed prostoru klenbu nesou tři kulaté sloupy, ve spodní části zakončené osmibokými patkami. Dvojlodí měří přibližně 27 metrů na délku, 13 metrů na šířku a dosahuje výšky asi 10 metrů. Osvětlují jej tři lomená okna s kamennou kružbou — jedno v pravé části východní stěny, dvě v jižní stěně. Prostor je dodnes využíván k bohoslužbám.

Presbytář, oddělený od dvojlodí výrazným lomeným obloukem s masivním kamenným žebrem, je přibližně o dva metry nižší než dvojlodí. Na východě je zakončen pětiboce, přičemž v každém z pěti boků se nachází vysoké gotické okno s čtyřlaločnou kamennou kružbou; tři další okna se stejným vzorem jsou po pravé straně. Vlevo jsou okna snížena a posazena výše z důvodu přiléhající budovy ambitu. Presbytář je zaklenut síťovou klenbou takzvaného milevského typu — podle příbuzné klenby z kláštera v Milevsku. Cihlová žebra svým křížením vytvářejí dojem sítě, přičemž většina z nich má v této části již jen dekorativní, nikoliv nosnou funkci. Klenbu oživují znaky hlavních mecenášů bechyňského kláštera — například zlaté hvězdice rodu Šternberků — umístěné v místě hlavních svorníků. Celá klenba presbytáře vybíhá z jehlancových konzol rozmístěných po obvodu stěn.

Kdo hledá poctivou pozdně gotickou architekturu mimo přeplněné turistické trasy, Bechyně stojí za zastávku. Kostel nabízí vzácnou ukázku sklípkové klenby, jejíž geometrická přísnost dodnes budí respekt, a zároveň připomíná, jak barokní přestavby dokázaly nenávratně pohltit starší, rovnocenně cenné vrstvy.