Počátky kostela sahají do poloviny 13. století, kdy kolonizátoři pustého území vybudovali původně gotický chrám zasvěcený svatému Jiřímu v raně gotickém slohu. Roku 1279 je kostel zmínkou jako místo, kde se mohla pomodlit česká královna-vdova Kunhuta, vězněná na hradě Bezději se svým malým synem Václavem. Později, když se Václav II. stal českým králem, se kostel stal filiálním chrámem.

Oltář k poctě svatého Havla, jemuž byl kostel nově zasvěcen, byl instalován v roce 1653, avšak formální zasvěcení kostela tomuto patronu se uvádí až v roce 1714. V počátku 17. století byla farnost ve správě luteránských pastorů, vrátila se pod správu římských katolíků v roce 1624. Mezi lety 1722 až 1724 proběhla rozsáhlá barokní přestavba zásluhou hraběnky Margarety z Valdštejna. V jejím rámci byla v severovýchodním rohu stavby vybudována kostelní věž, která svou výškou přesahuje sedlovou střechu kostelní lodě.

Po roce 1947 byly Kuřívody začleněny do Vojenského prostoru Ralsko. Postupně byla část vnitřního vybavení odvezena mimo obec – oltář do Struh u Svojan, křtitelnice, kříž a obrazy do Bělé pod Bezdězem. V období let 1968 až 1991 bylo okolní vojenské území ve správě sovětských vojsk a kostel v tu dobu sloužil jako sklad zeleniny. Tyto okolnosti způsobily značné zdevastování památky.

Po roce 1990 byla opravena střecha a kostelní věž. Klíčovým objevem se stala roku 2011 rekonstrukce, při níž byly odkryty dvě vrstvy gotických nástěnných maleb z 13. a 14. století. V prostoru klenby je zobrazeno nebe s hvězdami a souhvězdími, přičemž starší malba byla překryta vápenným nátěrem, na němž jsou pak mladší malby. Mezi zajímavé výjevy patří obětování v chrámu a postava svaté Doroty, kterou doplňuje torzo pásu vinné révy. Na východní stěně se zachovala postava archanděla Michaela vážícího duše hříšníků. Malby lze datovat do dvacátých let 14. století. Nález byl nominován do celostátního kola ceny Patrimonium pro futuro za rok 2013.

Kostel je dnes ve vlastnictví římskokatolické církve a přináleží k farnosti Kuřívody. Od roku 2025 se zde konají mše svaté ve středu dopoledne, avšak pouze v sudých týdnech. Návštěva tohoto kostela nabízí cestovatelům jedinečný pohled na gotickou architekturu a středověké nástěnné malby, které se kvalitou vyrovnají malbám na hradě Houska.