Klášter magdalenitek vznikl v Mostě darovací listinou českého krále Václava II. z 21. listopadu 1281. Sestry řádu vybraly místo poblíž městských hradeb, nedaleko kostela Panny Marie na úpatí vrchu Hněvína, a jejich nové sídlo pojmenovaly starým jménem Zahražany. Od počátku měl klášter důležitý podíl na duchovním životě rostoucího města.

Klášter se ocitl v těžkých dobách husitských válek. Roku 1421 jej husité vyplenili a během následujícího období komunita postupně slábla. Obnovit jej se podařilo až v druhé polovině 15. století, kdy sestry vybudovaly nové sídlo u třetího náměstí. Důležitou roli sehrál Jiří Opl z Vitzthumu, který roku 1496 věnoval klášteristám platy ze vsi Havraně.

Velkou zkouškou se stal požár z roku 1515, který téměř zničil celé město. Oheň zničil klášter do základů i se četnými listinami a privilegii, kterými byl doposud obdařen. V období obnovy do kláštera vstoupila Kateřina z Vlčkova a její rodina se věnovala znovuvybudování. Kostel při klášteře byl 20. října 1515 konsekrován olomouckým biskupem Martinem Göschlem. Ztracené dokumenty byly postupně nahrazovány (1515, 1523, 1539), vždy však v omezené míře. Klášter tak již nikdy neobnovil své dřívější postavení, zejména proto, že ve městě získával na síle protestantismus.

Řádový život přetrval husitské horko i stavovské povstání. Majetek byl během povstání zabaven a sestry musely odejít, ale vrátily se po bitvě na Bílé hoře. Třicetiletá válka jejich řád ochudila a znovu je přiměla k útěku. Vrátily se až po jejím skončení. V polovině 18. století si postavily křížovou cestu v tehdejší Žižkově ulici vedoucí k jejich kapli, která obsahovala gotickou milostnou sochu Panny Marie zvané Madona ze Zahražan.

Kostel Narození Panny Marie byl barokně přestavěn do roku 1724. Požár v roce 1769 vyžádal novou stavbu, kterou se podařilo rychle dokončit. Dne 3. září 1774 byl konvent znovu vysvěcen. Toto obnovené období však netrvalo dlouho – v roce 1782 jej zrušil císař Jozef II., právě když byl uzavírán přilehlý kostel. Soška Madony ze Zahražan byla v roce 1783 předána do mosteckého děkanského kostela a klášter připadl piaristům, kteří v Mostě provozovali svojí kolej.

Klášter se postupně měnil v ruiny. Piaristé jej městu prodali v počátcích 20. století (sami jej opustili v roce 1872). Město jej pak demolovalo postupně – první fáze začala v roce 1893 a pokračovala až do roku 1918. Poslední zbytky kláštera byly zbořeny v dubnu 1966.