Klášter klarisek ve Znojmě byl založen v roce 1271 na podnět krále Přemysla Otakara II. v bezprostřední blízkosti Minoritského kláštera. Oba domy řeholnic byly strategicky umístěny tak, aby mohly společně využívat kostel Nanebevzetí Panny Marie. V ambitě kláštera byla vystavěna kaple určená pro společné večerní modlitby obou komunity. Přemysl Otakar II. osobně přivolal z Itálie čtyři sestry klarisky, jež se staly základem nové komunity. Slavnostní inaugurace kláštera proběhla 1. května 1273 v přítomnosti biskupa Bruna ze Schauenburgu z Olomouce. Poté bylo do řádu přijato dalších dvanáct žen. Na počátku se klarisky živily výhradně z almužn a darů věřících.

Papežská privilegia a majetkové transfery brzy zajistily klášteru ekonomickou stabilitu. V roce 1285 obdržely klarisky v dar obec Tasovice. Od roku 1296 je osvobodil papežem Bonifác VIII. od všech světských a duchovních plateb. Toto svobodství potvrdil v roce 1318 papežem Jan XXII., který současně zbavil klášter povinnosti platit desátky duchovenstvu. V roce 1327 potvrdil tato práva i král Jan Lucemburský a rozšířil je – klášter se stal osvobozený od všech poplatků s výjimkou královské daně. Václav II. si v roce 1299 připomněl smrt své sestry darování svého potvrzením a dalšími vesnicemi. Rozkvět kláštera přinášel postupně další dary majetku i hotovosti.

Harmonii střílely spory s opatstvím v klášteře Louka o majetek v obcích, jež patřily oběma domům. V roce 1357 přijal klášter pod svou přímou ochranu markrabě Jan Jindřich. Skutečnou katastrofou se stala velký požár města Znojma v roce 1494, který zničil nejen klášter, nýbrž i jeho veškerý majetek. Teprve v roce 1497 vrátil králem Vladislavem II. klariskám potvrzení jejich práv a majetky. Ztráta patronátu nad farností svatého Michala a kaplí svaté Kateřiny však otevřela dveře protestantské agitaci, která se obrátila i přímo proti klariskám.

S příchodem třicetileté války musely klarisky opustit svůj klášter; jeho budovy obsadili protestanti. Po bitvě na Bílé hoře v roce 1620 byly klášter a majetek restituovány původním obyvatelkám. Tato úleva však netrvala dlouho – v letech 1623 a 1630 klášter vyhořel. Jeho obnovu umožnila apenas zásadní pomoc císaře Ferdinanda III. Při švédské okupaci Znojma v roce 1645 si klarisky najmuly soukromou stráž, ale přesto v témž roce prchly do benediktinského opatství v Sankt Lambrecht. Vrátily se pouze na krátko v roce 1647. Obava před tureckým nebezpečím je v roce 1683 opět rozpoutala – tentokrát na východ do Telče a Jindřichova Hradce.

Poslední stavební úpravy na klášteře proběhly v roce 1693. Definitivní konec přišel 22. května 1782, kdy císař Josef II. klášter rozpustil. Jeho majetek – obce Tasovice, Výrovice a Stupešice – byl sloučen s majetkem rovněž zrušeného kláštera v Louce; dne 2. ledna 1827 ho rozprodal Karel Emanuel. V průběhu devatenáctého století sloužily klášterní budovy vojensko-vzdělávacím účelům, později hostily Městské divadlo Znojmo s tanečním sálem a soud. Společný kostel byl zbořen v roce 1840. Dnes v někdejších klášterních prostorách sídlí obchodní akademie, čímž se místo vrátilo vzdělávacímu poslání, které jej charakterizovalo po staletí.