Katedrála svatého Mikuláše v Českých Budějovicích stojí v centru města kousek od severovýchodního rohu náměstí Přemysla Otakara II., vedle Černé věže, která slouží jako zvonice. Před katedrálou se nachází socha biskupa Jana Valeriána Jirsíka.

Základní kámen farního kostela byl položen krátce po založení města, okolo roku 1265. Hlavní oltář byl posvěcen kolem roku 1297, samotná stavba hlavní budovy se však táhla až do poloviny 14. století. Postupem doby se k chrámu přidávaly další prvky: okolo roku 1370 se připomíná hřbitovní kaple svatého Jakuba, která byla později nahrazena kaplí Smrtelných úzkostí Páně.

Raně gotická bazilika byla postupně rozšiřována a přeměňována. Koncem 15. století získala přístavbu v podobě jižního průčelí s trojicí příčných lodí. Kolem roku 1500 přibyla samostatná zvonice na severovýchodě od kostela. V roce 1517 následovala odborná prohlídka, a rok později byla stavba přestavěna do tvaru pozdně gotického chrámu s vysokou stanovou střechou a dvěma vysokými věžemi. Dne 24. června 1523 se severní věž zřítila a již nebyla obnovena v původní výši. V tomto období pravděpodobně vznikla hodinová vížka jako přístavba na věži jižní. V roce 1547 byly zahájeny přípravné práce na stavbě Černé věže jako strážní věže a zvonice – byla dokončena roku 1577.

Během třicetileté války měla katedrála neobvyklou úlohu. V roce 1631 byly do Českých Budějovic evakuovány české korunovační klenoty s ozbrojeným doprovodem třiceti jezdců na koních a šedesáti pěších mušketýrů. Byla zřízena bezpečná místnost pro jejich uložení v kostele, patrně v jižní věži, kterou střežila vojenská posádka. Jejich bezpečnost nesla zodpovědnost dvojice šlechticů, z nichž alespoň jeden musel být ve městě přítomen. V srpnu 1633 se klenoty převezly zpět do Prahy, ale v roce 1634 se na několik týdnů vrátily.

Roku 1641 zasáhl město velký požár, který pohltil i katedrála. Ze stavby zůstaly jen opěráky kněžiště. Následující barokní přestavba (1641–1649) byla provedena staviteli Giovannim Ciprianem a Francescem Canevalleem. Jejich práce provázely značné spory s místními řemeslníky i městem. Postupně město muselo opravovat díla stavitele, který Budějovice opustil – zejména bylo strženo a přestavěno průčelí. V letech 1686 až 1688 došlo k dalším stavebním úpravám pod vedením architekta Giacoma Antonia de Maggi. Průčelí bylo přestavěno do dvojetážové podoby italského typu. Štukatérskou výzdobu provedl Santino Cereghetti. V roce 1785, když se chrám povýšil na katedrály nově zřízené diecéze, byl upraven jeho interiér.

Vedle kostela se nacházel městský hřbitov od středověku až do roku 1784, kdy byl zrušen dekretem Josefa II. V letech 2001 až 2005 se na jeho místě prováděl intenzívní archeologický výzkum. Katedrála zůstává jedinou dochovanou raně barokní stavební památkou Českých Budějovic.