Kapucínský klášter v Brně je souvisejícím komplexem kostelní a klášterní budovy s dlouhou a peripetickou historií. Řád menších bratří kapucínů vznikl v italské Umbrii v 16. století a postupně se šířil po Evropě. Do českých zemí přišli v roce 1599 na pozvání arcibiskupa Zbyňka Berky z Lipé a Dubé, když v Praze na Hradčanech založili svůj první klášter. Brňanské spojení kapucínů inicioval olomoucký biskup a kardinál František z Dietrichštejna.

První brněnský klášter s kostelem svatého Františka z Assisi vznikl na východním předměstí a měl základní kámen položen v roce 1604. Následující století však přineslo tragédii. V březnu 1645, kdy město obléhali Švédové, nařídil vojenský velitel Raduit de Souches srovnat se zemí všechny stavby před hradbami – aby se v nich švédská vojska nemohla usídlit. Kapucínský klášter se tak stal obětí vojenské strategie. Bratři se uchýlili na Starou radnici, později pak do měšťanského domu vedle Biskupského dvora.

Druhý, trvalý klášter si kapucíni zvolili uvnitř hradeb, na Uhelném trhu, dnes známém jako Kapucínské náměstí. Stavba se protáhla na osm let kvůli technickým a finančním těžkostem. Dne 7. května 1656 byl slavnostně posvěcen kostel Nalezení svatého Kříže – ceremoniálu se ujal pomocný olomoucký biskup Jan Gobbar. Tímto datem se klášter definitivně etabloval jako pevná součást Brna.

Během 17. a 18. století se klášter vypracoval na důležité centrum řádových studií filozofie a teologie. Zde také sídlil kustod, který dohlížel na všechny kapucínské kláštery na Moravě a v Slezsku. Bratři si vedli soběstačný život – část potravin si pěstovali na zahrádce nebo půjčených pozemcích, sami si tkali řeholní oděvy, provozovali truhlářskou dílnu a vyráběli léky. Kněží mezi nimi služebně asistovali v mnoha brněnských i vzdálenějších kostelích, vykonávali zpověď v Špilberku. Zároveň žili především z příspěvků od dobrodinců – šlechty a měšťanů.

V 18. století prošel klášter výraznou přestavbou pod vedením stavitelů Mořice Grimma a jeho syna Františka Antonína. V roce 1753 byl kostel rozšířen o kapli svatého Fidela. Klášter se rozrostl o tzv. Trenckovo křídlo, jehož financování předpokládá souvislost s nadací velkého pandurského velitele Františka barona Trecka. V roce 1764 byla dokončena nová klášterní knihovna s původním barokokním nábytkem, která dnes obsahuje zhruba osm tisíc svazků. Strop zdobí freska malíře Josefa Sterna znázorňující rozhovor svatého Tomáše Akvinského a svatého Bonaventury – dvou nejvýznamnějších teologů 13. století.

Náročné časy přišly s reformami císaře Josefa II. v roce 1783, který rozdělil česko-moravskou provincii a zrušil osm z třiceti kapucínských klášterů. Ve zbývajících klášterech se postupně snížil počet bratří – počátkem 19. století zde žilo jen zhruba 250 mnichů oproti původním sedmi až osmi stům. Až druhá polovina 19. století přinesla obrat, kdy kapucíni začali zakládat serafínské školy. Dnes zůstává brněnský klášter funkcí i svou architekturou zachovanou monumentální pamětí českého duchovního života.