Evangelický kostel v Pardubicích má své kořeny v příchodu evangelíků do města, který se zvýraznil během druhé poloviny 19. století. Své příslušníky sem přinesly rozvíjející se průmyslové podniky, které měnily tvář středoevropských měst. Kolem roku 1889 se evangelíci shromažďovali na pravidelných bohoslužbách ve staré reálce, během let se ale schůzky konaly také v domech jednotlivých věřících – například u městského starosty Františka Hoblíka nebo u průmyslníka Františka Opitze.

Potřeba vlastního chrámu rostla, a proto byl v roce 1892 založen Spolek pro postavení chrámu Páně v Pardubicích, jehož vedením se ujal František Hoblík. Čtyři roky trvalo získat finanční prostředky a koupit vhodný pozemek. V roce 1896 byl pozemek číslo 932/2 koupen od manželů Josefa a Kateřiny Polákových, a stavba mohla začít. Oproti počátečnímu rozpočtu, kdy v pokladně zbývalo pouhých 362 zlatých, se podařilo sesbírat dost darů a půjček – stavba byla zadána staviteli Josefu Krudencovi a stála bez vnitřního zařízení 7240 zlatých, s vybavením pak 13700 zlatých.

Dne 29. června 1897 byl chrám slavnostně předán svému účelu. Slavnostního otevření se zúčastnila městská rada se starostou Františkem Hoblíkem. V prvním roce provozu se v kostele konalo v průměru 26 bohoslužeb ročně. Budova sloužila jak evangelíkům helvetského vyznání, tak i jejich bratřím augsburské konfese, kteří v Pardubicích a okolí v té době ještě samostatný sbor neměli. Ten byl vytvořen až 8. prosince 1902, kdy se evangelická reformovaná komunita stala nezávislá na mateřském sboru ve Dvakačovicích.

Dvacáté století přineslo četné zkoušky. Během první světové války bylo v Pardubicích zřízeno vojenské lazaretní zařízení zvané Karanténa, kde byla pro evangelické vojáky vybudována vlastní kaple. Po rozpadu Rakousko-uherské monarchie byly obě protestantské církve sjednoceny v jednu Českobratrskou církev evangelickou. Druhá světová válka si vyžádala vysokou daň – mezi oběťmi nacismu z řad pardubických evangelíků byli lékař Otto Klepetář, Josef Chrbolka z Mnětic a Věra Junková.

Pamět zakládajícího ducha společnosti byla vzdána slovy v podobě pamětní desky, která byla v chrámu umístěna již koncem roku 1902 faráři Bohumilu Marešovi. Mnohem slavnější uctění se dostalo zakladateli sboru – dne 29. září 1929 byla odhalena pamětní deska Františku Hoblíkovi, který jako starosta města a předseda spolku zůstal neodmyslitelně spjat s duší této komunity.

Na konci 20. století prošel kostel zásadní proměnou. V roce 2004 byla provedena celková rekonstrukce – opraven střešní plášť a fasáda, vyměněny elektrické rozvody, bylo zlepšeno ozvučení a ventilace. Dnes se kostel dále používá farním sborem Českobratrské církve evangelické a připomíná dlouhou tradici protestantského života v Pardubicích.