Císařská kaple patří do komplexu Emauzského kláštera v Praze a byla založena jako součást kostela a kláštera „Na Slovanech" dle příkazu českého krále Karla IV. Stavba klášterního komplexu trvala od roku 1348 až do roku 1372, kdy byl kostel vysvěcen arcibiskupem Janem Očkem z Vlašimi na velikonoční pondělí 29. března. Datum nebylo náhodné – připomínalo cestu apoštolů do Emauz, což vedlo k dnešnímu jménu kláštera. Na stavbě se podílela Karlova dvorská huť pod vedením dvou stavitelů, z nichž první řídil práce přibližně do roku 1360.

Samotná kaple vznikla později. Po roce 1367 byla velká místnost v klášterní svatyni ve východním křídle rozdělena na kapitulní síň a kapli, která byla zasvěcena svatým bojovníkům s morem – sv. Benovi, sv. Šebestiánovi, sv. Fabiánovi, sv. Rozálii a sv. Rochovi. Nápis na portálu kaple tuto dedikaci dosud dokazuje. Původní gotická nástěnná malba s pašijovými výjevy se nezachovala, ale její program známe z Uppsalského rukopisu. Oddělení kaple souviselo s přechodným umístěním císařských relikvií vztahujících se k Kristovu ukřižování, ještě před dostavbou podobné kaple na Karlštejně.

Během husitských válek klášter zůstal uchráněn od drancování, protože se stal klášterem utrakvistů. Za císaře Rudolfa II. byl učiněn pokus o obnovu katolické liturgie a nezbytných oprav. V roce 1636 nebo 1637 pak byla kaple pod vedením císaře Ferdinanda III. zřízena jako místo adorace svatých patronů chránících před morem.

Zásadní proměna přišla v 19. století. Od roku 1880 do 1890 si klášter převzali benediktini z Beuronu, vypuzení z německého kláštera Bismarckovou kulturní politikou. Odstranili barokní úpravy a v duchu Beuronské umělecké školy prostor regotizovali. V Císařské kapli byla původní baroková výzdoba nahrazena čtyřmi figurálními kompozicemi. Na oltářní stěně se objevila Kalvárie, jejíž nástěnnou malbu provedl Gabriel Wüger (1829–1892), malíř blízko spolupracující s Desideriem Lenzem (1832–1928), autorem původní kompozice určené pro klášter Montecassino v Itálii. Wüger zde využil svých zkušeností s vyobrazením Kristova ukřižování z Říma z roku 1869, které je považováno za první malbu v Beuronském stylu.

Dnes je kaple zvláštní právě touto beuronskou výzdobou. Gotická klenba, nyní bílá, byla původně vymalována jako tmavě modré nebe se zlatými hvězdami; zbytky byly odstraněny v 90. letech během rekonstrukce. Čelní stěnu zdobí malba zobrazující Kalvárii se sv. Benediktem a sv. Scholastikou klečícími u kříže a se sv. Janem Křtitelem a sv. Martinem stojícími. Panna Maria a sv. Jan Evangelista jsou pojati frontálně se strnulostí, která je typická pro Lenzův kánon teologické geometrie. Kolem celého výjevu je z zlatých ratolestí vytvořen oblouk kopírující klenbu kaple s hlavami andělů umístěnými na koncích.