Kostel svatých Fabiána a Šebestiána stojí v Zákupech na Mimoňské ulici, kde tvoří nedílnou součást farního komplexu spolu s farou a přiléhajícím hřbitovem. Jeho nejstarší části pocházejí z doby před rokem 1458, kdy nechal původní kostel vybudovat Beneš z Vartenberka. Přibližně sto let později, v roce 1550, zahájil tehdejší vlastník Zákup Zdislav Berka z rodu Berků z Dubé stavbu zcela nového kostela na místě původní budovy. Stavba trvala deset let, během nichž ji přerušil mor, který v roce 1553 usmrcel i samotného Zdislava a značnou část zdejších obyvatel. Stavbu pokračoval jeho nástupce Zbyněk Berka, nejvyšší komorní Království českého, jenž ji v roce 1560 dovedl do konce spolu s kryptou pro budoucí rodinou pohřebiště. O dva roky později, v roce 1562, byly zavěšeny zvony a kostel byl vysvěcen pro veřejné užívání. Prvním farářem se stal Pavel Weiss.

Další zásadní transformaci stavba prošla v roce 1863, kdy byla převedena do novogotického slohu, v období, kdy v Zákupech pobýval i excísař Ferdinand I. Během první světové války, konkrétně 28. srpna 1916, byly kostelní zvony sejmuty na nařízení z Vídně a posílány k zrekvírování pro válečné účely.

Stavba je jednolodní s pětiboký presbytářem a patrovými přístavky. Na jižní straně se nachází obdélníková sakristie a oratoř. Průčelí s barokními prvky je vysoké a členěné lizénami, věž je hranolovitá se sakristií v přízemí a oratorí v patře. Loď kostela je zakončena trojdílnou valenou klenbou. Vnitřní zařízení nese novogotický styl. Mezi nejcennější části patří dvě sochy světců a obraz Nebeské Trojice ze 18. století. Zvláštní pozornost si zaslouží krypta, kde spočívá 23 příslušníků rodu Berků z Dubé a také toskánská velkovévodkyně Anna Marie Františka se svým prvním manželem, pohřbená v roce 1741. Za hlavním oltářem se nacházejí mramorové náhrobky Zbyňka Berky a jeho manželky Veroniky z Lobkovic. Vpravo od mariánského oltáře je kamenný reliéf Aliny Chvalkovské z roku 1578. V kostele je uložena relikvie svatého Felixe, kterou velkovévodkyni získala od papeže.

Kostel byl zapsán do celostátního seznamu kulturních památek v roce 1958 pod číslem 46904/5-3434. V roce 2012 měl stavbu vážně poškozené střechu, kterou zatékalo do interiéru a způsobovala škody dřevomorka. Nebyla funkční ani kanalizace, která ohrožovala rodinou hrobku Berků. Město Česká Lípa přispělo částkou 200 tisíc korun, město Zákupy pak vybudovalo provizorní dřevěný tunel u vchodu. V roce 2019 probíhala oprava střechy a fasády. Přestože se daří stavbu postupně restituovat, vyžaduje si další restaurátorské práce a údržbu.